Kansanperinnettä ja historiallisia esineitä ja dokumentteja keräämään seura organisoi asiamiesverkoston ja perusti vuonna 1884 Kuopion museon, johon kokoelmat tallennettiin. Kuopion kaupunki rakennutti vuonna 1906 valmistuneen kansantalon (nyk. museotalon), josta Isänmaallinen Seura, Kuopion Luonnon Ystäväin Yhdistys ja lisäksi kaupunginkirjasto saivat vuosikymmeniksi toimitilat. Museota hoidettiin harrastajavoimin, kunnes kaupunki vuonna 1967 otti sen hoitoonsa ja palkkasi museoammatillista henkilökuntaa. Vuonna 1987 Isänmaallinen Seura luovutti kokoelmansa Kuopion kaupungin omistukseen osaksi Kuopion kulttuurihistoriallisen museon ja taidemuseon kokoelmia. Seura saa vastineeksi vuotuisen avustuksen, joka mahdollistaa sen nykyisen toiminnan. Seura tukee edelleen museon toimintaa avustamalla näyttelyiden ja julkaisujen toteuttamisessa.

Seura on pitänyt yllä Snellman-traditiota Johan Vilhelm Snellmanin patsaan paljastamisesta saakka. Vuonna 1886 julkaistiin Aarni-sarjan ensimmäinen numero ”Muistelmia J.W. Snellmanin elämästä Kuopiossa”. Suomen sodan muistoksi seura pystytti Toivalan taistelijoiden muistomerkin vuonna 1933. 1900-luvun alussa Kuopion Isänmaallinen Seura oli mukana perustamassa Pohjois-Savon kansanopistoa ja ajoi suomenkielisen yliopiston perustamista Kuopioon.